西暦2205年。
歴史改変を目論む「歴史修正主義者(れきししゅうせいしゅぎしゃ)」が過去への攻撃を開始した。
対峙する時の政府は歴史の守りとして「審神者(さにわ)」なる者を過去へと派遣する。

物の心を 励起(れいき)する審神者の力によって生み出された、刀剣に宿りし付喪神「刀剣男士(とうけんだんし)」たちは、
審神者と共に歴史を守る戦いへと身を投じる。

入電──肥前忠広より突然の出陣要請。
本丸は陸奥守吉行、和泉守兼定、堀川国広、鶴丸国永、小烏丸の5振りの出陣を決めた。
行き先は1863年の文久土佐藩、土佐勤王党が恐怖政治を敷く“放棄された世界”である。
出陣先で肥前忠広、そして南海太郎朝尊と合流した刀剣男士たちはこの歴史改変を正すべく
その中心人物の捜索を開始。

任務中に出会った坂本龍馬と共に行動を起こすことを決めるが……