西暦2205年。
歴史改変を目論む「歴史修正主義者」が過去への攻撃を開始した。
対峙する時の政府は歴史の守りとして「審神者」なる者を過去へと派遣する。
物の心を励起する審神者の力によって生み出された、
刀剣に宿りし付喪神「刀剣男士」たちは、審神者と共に歴史を守る戦いへと身を投じる。
本丸では、小夜左文字がなにやら気落ちした様子であった。
近侍である山姥切国広は、悩みを聞きだそうとするが、小夜は山姥切を避けるような態度を見せる。
また、延享四年へと調査任務に赴いた大倶利伽羅と歌仙兼定は、任務先で仲違いをしてしまう。
大倶利伽羅と同じく元伊達家の刀である燭台切光忠、鶴丸国永、そして本丸の新たな仲間として顕現した太鼓鐘貞宗は、ふたりの仲違いを解決しようと思案する。
鶴丸がなにか良い案はないか主に相談すると、主から意外な任務が下された。
三日月宗近は、そんな本丸を見守っている。
一方、戦国の世では、豊臣秀吉による天下統一が果たされようとしていた。
その時代の移り目に、終わりゆこうとする戦国を憂うひとりの男がいた。
その男、伊達藤次郎政宗。
天下人への夢を燻らせ続ける政宗に、彼と信義の絆で結ばれた盟友・細川与一郎忠興は、やがて来る泰平の世を生きていくことを諭す。
政宗が天下人となることは《見果てぬ夢》なのか…
ある日、刀剣男士たちに出陣の命が下りる。
出陣先は、慶長5年（1600年）、徳川家康率いる東軍と、毛利輝元・石田三成らが率いる西軍とが大激突を繰り広げた天下分け目の大戦 関ヶ原の戦い。
そこで刀剣男士たちがみたものは――？
