西暦二二〇五年。歴史の改変を目論む「歴史修正主義者れきししゅうせいしゅぎしゃ」によって過去への攻撃が始まった。
時の政府は「審神者さにわ」なるものたちに歴史の守護を命じる。
その審神者の物の心を励起れいきする力によって生み出された「刀剣男士とうけんだんし」たちは、さだめられた歴史を守る戦いへと身を投じるのだった。

一五六五年、永禄八年“永禄の変”。京都の御所の庭に、咲くはずのない満開の桜が咲いている。その根元には、御所に攻め入った謀反者たちによって絶命した第十三代征夷大将軍・足利義輝の亡骸があった。
義輝から流れる無念の血を吸いあげ、真っ赤に染まっていく桜。一片の花弁が地面に舞い落ちた瞬間、そこに一振りの刀剣男士らしきものが顕現した。
刀剣男士らしきものは、よろめきながら義輝の亡骸へと歩み寄り、京の空を震わせる咆哮を上げる。やがてその力を利用しようとするものたちとともに、刀剣男士らしきものは永禄の時代から姿を消した。

一方、山姥切国広が修行に旅立っているあいだも、刀剣男士たちは歴史と本丸を守っていた。規模の大きくなった本丸も、それぞれが役割を分担することで円滑に運営されていた。
執務室では、山姥切国広に代わり近侍を務めていたへし切長谷部が中心となって、軍議が執り行われていた。議題は、ここ最近の出陣先で目撃されている謎の刀剣男士らしきものについてである。
現れては刀剣男士たちと交戦し、劣勢になるとすぐに逃げていく。軍議では、そのものが刀剣男士との戦いを重ね、戦い方を学びながら力を増している可能性が指摘される。これ以上、敵が力を増す前に仕留めるため、今度はこちらが先回りして待ち構える方針が固められた。

主から命が下りた六振りの刀剣男士は、一五六五年 “永禄の変”へと出陣していく。
いつかと同じように季節外れの桜が狂い咲く御所。そこには義輝と、義輝を主と定め、その命を守ろうとする刀剣男士らしきもの──朧の鬼丸国綱の姿があった。