西暦2205年。
歴史改変を目論む「歴史修正主義者」が過去への攻撃を開始した。
対峙する時の政府は歴史の守りとして「審神者」なる者を過去へと派遣する。
物の心を 励起する審神者の力によって生み出された、刀剣に宿りし付喪神「刀剣男士」たちは、審神者と共に歴史を守る戦いへと身を投じる。
思い出の品々を抱え、荷運びが続く。
行われているのは、審神者の命による＜新たな本丸＞への引っ越しであった。
新天地での生活。出陣の任も成し、本来の役割を果たせるようになってきた刀剣男士たち。
そこへ、深まりゆく秋の風を纏い＜新たな刀剣男士＞がやって来る――